梵蒂冈奇迹调查官

平賀・ヨゼフ・庚

年轻的日本神父。虔诚的天主教徒，同时也是天才科学家，但渴望遇到无法用科学实证的“奇迹”而就任为奇迹调查官。毫无生活能力。

ロベルト・ニコラス

意大利的青年神父。古文书和密码的破解专家，作为奇迹调查官与平贺组成搭档。通晓人情世故，擅长家务，经常对平贺照顾有加。

ローレン･ディルーカ

梵蒂冈情报局在籍。与前来调查的平贺取得联系，在情报收集和道具筹措等方面辅助着他。谜团重重的天才，与平贺是如同朋友一样的关系。

サウロ大司教

平贺与罗伯托的上司，善解人意的人。信仰心深厚，现在稀有的有过驱魔经历的英雄大主教。

ビル･サスキンス

FBI搜查官。在某起事件中与平贺和罗伯特相遇，此后便开始和他们互相协助。热心的天主教徒，对两人怀抱敬意。

ジュリア司祭

美貌的青年神父。在非洲索玛共和国的教会救济穷人，以如同圣者的司祭身份获得人们的尊敬。其献身的姿态让平贺也深受感动。

平賀良太

平贺的弟弟。正在疗养中，在德国的医院度日。

セバスチャン・フランクリン

真壁翼

聖帝学園3年生。 B6のリーダーで、真壁財閥の御曹司。裕福な子女が集まる聖帝の中でも飛び抜けた金持ち。自らの財力とルックスに絶対の自信を持ち、金と権力で何でも解決させようとする我侭な性格だが、仲間想い。悠里を貧相な庶民として見下すが、褒められると憎まれ口を叩きながらも喜ぶ。日本人の父とイギリス人の母を持つハーフで、幼少時はイギリスで過ごしていたため、英語は完璧。反面、日本語や日本の慣習は不得手で、間違って覚えている知識も多い。言葉の端々に英単語を混ぜて話す。美貌を生かしてモデルのバイトをしており、洋服のセンスはいいものの、他の趣味はかなり悪い。 母親とは5歳で死別。母を顧みず仕事に没頭していた父に憎しみを感じており、財閥の次期後継者という立場上、金以外の自由を与えて貰えないことが、より深い確執に繋がっている。過去に追い出した11人のClassX担任とは異なり、金で動かない悠里に興味を抱く。

草薙一

聖帝学園3年生。 面倒見のいいB6の兄貴分。表面的にB6のリーダーは翼（提案と実行担当）だが、実質上彼らの意見を纏める役は一であり、B6の裏リーダー的存在。運動能力が卓越しており、去年まではサッカー部の主将を務めていたが、とある事件で退部。以降、街でケンカに明け暮れる日々を送る。本来は世話焼きで気さくであり、人懐っこい性格だが、事件について触れられると荒々しく豹変する。超がつく記憶力の悪さで、人の名前もよく間違える。無類の動物好きで「聖帝のアニマルマスター」「聖帝のナナツゴロウ」といった異名を持ち、動物に酷いことをする人間を許さない。動物の言葉を理解出来るため、動物の知り合いが多い。二葉・三希という歳の離れた双子の妹がおり、身内や仲間には優しく接する。家族と離れて一人暮らし中。悠里のことは気に入っている一方、自分の事情に踏み込む行動をされると激怒する。

七瀬瞬

聖帝学園3年生。 人気のインディーズバンド「ヴィスコンティ」のリーダー。担当はベースだが、歌唱力も高い。バンドに魂をかけており、将来は音楽で生きていくという夢を持っている。クールな性格で、自らの夢に不要な物や人を容赦なく捨てる一面を持つが、意外と真面目。シャイな口下手でもある。怒ると感情的になりやすく、頻繁にいたずらを仕掛けられる清春とは犬猿の仲。一人暮らしで、生計はアルバイトで立てているため、金銭面に非常にうるさく節約術に長ける。プライドが高く他人からの施しは受けないが、食べ物に釣られて頼まれ事を受けることがある。父親は誕生前に他界、唯一の肉親である母親からは育児放棄を受け、愛情に飢えて育ったため、優しさや気遣いに慣れていない。翼同様にツンデレな面が強く、悠里に対しても当初は無関心だが、徐々に彼女の優しさに触れて好意を抱く。シナリオ後半では、悠里に見捨てられることを恐れたり、他のB6メンバーに対して嫉妬をしたりと、依存度や独占欲が強い。

仙道清春

聖帝学園3年生。 「聖帝の小悪魔」「クラッシャーキヨハル」の異名を持ち、悪質ないたずらを繰り返す問題児。誰に対しても挑発的で言葉遣いが非常に悪い。B6の中では反応が面白い瞬を標的にする一方で、嫌味が通じない悟郎やいたずらが全く通用しない衣笠は苦手。生来の優れた記憶力は、いたずらとバスケにしか発揮されない。運動神経が抜群に良く、特にバスケは天才的。学園のバスケ部には名前だけ登録してあるものの、周りのレベルが低すぎるとの理由で入部しておらず、気が向いた試合のみ助っ人で参加する。天才ゆえに一度も努力をしたことがなく、才能のない他人を凡人と見下す一方、身長の低さが原因でプロ入りは諦めており、決して満たされないジレンマを抱えている。長所などないように周りには見られるが、自分が気に入った（歪んだ愛情表現としてのいたずらをする）相手に、他人が文句をつけたり、泣かせたりすることは決して許さない。悟郎以外のB6を苗字の略称で呼ぶ。自分のいたずらに怯まず、何度災難に遭わせても負けない悠里を、今までにないオモチャとして気に入っている。

風門寺悟郎

聖帝学園3年生。 通称ゴロちゃん。一見すると超美少女だが、実際は女装をした美少年で、心身ともに男の子。化粧や肌ケアやおしゃれに敏感。常に笑顔を絶やさないB6のムードメーカーで、周囲を冷静に見極める才覚があり、人の心の変動にも聡い。過去、女性的な容姿が原因でいじめられていたが、女装を強制された際に周りがあまりの可愛さに驚くほど似合い、いじめも完全に収まったことから、自ら意欲的に女の子らしさを保つ努力をするようになった。周りには隠しているものの孤独を嫌う性格で、傷つきやすくもある。路上販売もしている趣味のイラスト描きは、コンクールで賞を取るほど上手く、美大に進学して本格的に絵を学びたいという夢も持つ。ポペラ語と呼ばれる特徴的な口癖を織り交ぜて会話する。普段は高い声質だが、怒ったり驚いたりすると急に声が低くなる。B6の中では悠里に最初から好意的で、他のメンバーとの橋渡しになることも多い。

斑目瑞希

聖帝学園3年生。 無口かつ無表情で、時間と場所に関係なく眠る。幼い頃に受けたトラウマから極度の人嫌いで、寝ていても触れられそうになると反射的に起きる。自ら人と関わることはほとんどなく、発言自体が珍しい。B6でも、動物との会話が可能な一としかコミュニケーションが取れない。唯一の親友は常に一緒にいる白トカゲのトゲー。本人に代わり、トゲーが返事をすることも多い。どこからともなく白い爬虫類を呼ぶ能力を持っており、特に感情が高ぶると大量の爬虫類を召喚する。呼び寄せられた爬虫類は、人を襲ったり互いに捕食し合ったりすることはなく、しばらくして落ち着くと自然に去っていく。記念日に限り、パンダや白熊など、意図的に哺乳類も召喚出来る。無理にでも瑞希を人前に出して慣れさせるという理由で、スタジオに連行する翼と一緒にモデルのバイトをしているが、本人は面倒だと思っている。特技はタロット占いでよく当たるらしい。当初、悠里のことは煩わしがって相手にせず、行動を予測して避けていたものの、方向感覚のない彼女に偶然捕まることも多かった。保身を考えない悠里の真っ直ぐな優しさに触れていくうち、心を開き始める。

南悠里

名前変更可能。聖帝学園グラマー担当教師。 中等部で2年間教鞭を取った後、高等部に招かれ、ClassXの担任となった。B6を卒業させようと奮闘する、真面目でしっかり者な性格だが、かなりのドジっ子。方向音痴でもあり、街中や校内でよく迷子になる。隠し事や嘘が苦手で、思考がすぐ表面に出るタイプ。独り言も多い。感受性豊かで母性本能が強く、自分より生徒を案じて行動する傾向がある。自身の料理の味に関して味音痴の傾向があり、趣味の料理は見た目が壊滅的で（絶対に不味いわけではなく、味は成功と失敗の波が大きい）、大学の料理サークルを経て現在も自炊しているが、作った料理は真っ黒だったり光っていたりと、見た目の凄まじい物質となるため口に運ぶまでが最大の難関と思われる。酒にはかなり強く、酔わない。

ナディア・ラ・アルウォール

エルシス・ラ・アルウォール

ジャン・ロック・ラルティーグ

マリー・エン・カールスバーグ

グランディス・グランバァ

メディナ・ラ・ルゲンシウス・エレクトラ

サンソン

ハンソン

キング

ナディアが連れているオスの白ライオン（実際は白っぽい灰色）の子供。マリーの登場後は彼女と行動することが多い。 人語をある程度解し、簡単な算数もできる。コメディパートでは二足歩行を披露し、島編に入ると釣り竿を持って魚釣りもするなど、徐々に動物離れした人間に近い行動を取るようになった。周囲からは頻繁にネコと間違えられており、実際に鳴き声もネコのようである。希少種らしく、ゴンザレスに拉致された。 最終話 (A.D.1902) で成長した姿を見せ、立派なたてがみと2匹の子供を披露した[注 10]。 なお、監督の樋口によると当初は「実は宇宙人であり、最終回には着ぐるみを脱いで正体を現す予定」だったが、周囲の反対で没になった[10]。

エーコー・ウィラン

金髪碧眼のフランス人。23歳[14]。レーダーとソナーを担当する測的長。 以前乗っていた船がガーフィッシュに沈められたところを、唯一の生き残りとしてノーチラス号に助けられ、彼らの仲間になる。その船こそラウルが船長を務めていたエリーゼ・ル・アーブル号であった。 測的手になったのは、CDドラマ「第-（マイナス）1話」によれば、1888年にガーフィッシュの魚雷がメイン・ブリッジに直撃したことで、前任の測的長が戦死した場に立ち会ったことがきっかけ。 看護婦・イコリーナのファンクラブ会員番号1番。ネオ・アトランティスとの戦いの後、彼女と結婚した。

機関長

褐色の肌に白髪、人生経験豊かな老人。57歳[14]。タルテソス王国崩壊時直後に既にネモらと行動を共にしていた[15]。子供と孫がいたが死に別れている。徳川彦左衛門に似たキャラクター。

操舵長

ランニングシャツ姿で筋骨逞しい。42歳[14]。エーコーとは駄洒落を飛ばしあうなど気が合う様子。趣味は酒[14]。

航海長

インド風の風貌で、よくヨガを組んでいる。30歳[14]。丸眼鏡と頭に巻いたスカーフが特徴。 一見すると堅物そうだが、イコリーナのファンクラブの会員の1人でもあるなど柔軟な一面も覗かせる。 劇中ではほとんど無口だが、フェイトたちの葬儀では弔辞を述べていた。

水準操作員

バラスト、ネガティブ、トリムの各タンクへの注排水の担当者。長髪で無口な副操舵長。24歳[14]。ベレー帽を愛用。

イコリーナ・エッチーノ

ノーチラス号のクルーを優しく手当てする看護婦で、艦内にはファンクラブまである。会員番号1番は測的長のエーコー。 初登場時まで設定されておらず、作中では単に「看護婦さん」と呼ばれていた。もともと1話限りの登場予定だった。 最終決戦ではΝ-ノーチラス号を退艦し、地上でクルーたちの帰還を待つ。戦いが終わり、ジャンやナディアたちが帰ってくるその時、彼女はマリーとともに流れ星を見上げて「もうこんな想いをしなくて済みますように」と、祈りをささげる。このシーンは『サイボーグ009』のオマージュである[16]。 戦いの後、エーコーと結婚する。