乔尼亚斯奥特曼
科学警备队的队员光超一郎，在从宇宙空间站EGG3返回地球的途中，遭遇了来自U40的宇宙人。这位自称奥特曼的宇宙人，是察觉到地球正面临怪兽等怪异现象及超自然现象威胁的U40，为保护地球免受这些灾害而派遣来的使者。他在用空中闪耀的奥特签名等方式向人类发出威胁来临的警告后，以第三类近距离接触的方式与光一体化。
此后，光在陷入危机时便使用光束闪光器变身为奥特曼，与人类遭遇的各种怪兽和宇宙人战斗。
故事中盘，奥特曼的本名被揭示为“乔尼亚斯”。同样从故事中盘开始，剧情超越了以往奥特曼系列的框架，展开了以奥特曼乔尼亚斯的故乡U40为舞台、多位奥特曼登场的太空歌剧式展开。
