宇宙航母诺兰号
2052年，从外宇宙飞来的戈多姆人造行星突然停在地球环绕轨道上，引发天变地异，加之戈多姆人的入侵，地球被占领，人类丧失了总人口的九成。同时，世界各地建设的九处研究设施——N1至N9点中，除N1和N9外，其余均未及抵抗便遭毁灭。
在日本小笠原的海洋开发研究中心（N1点）秘密建造的战略航母“诺兰号”，在人类危机之际以九成完工率下水。为了摧毁戈多姆在太平洋各地建设的基地，解放地球，它出击了。
途中，发现大西洋百慕大海域海底的原子物理学研究中心N9点安然无恙。为了装备在那里建造中的反重力引擎，成为宇宙航母，击退轨道上的人造行星戈多姆，诺兰号向N9点进发。
主人公日下真，与在废墟中结识的少女土门庆（凯）及友人和泉洋等人，从遭戈多姆攻击而毁灭的首都逃脱，抵达N1点。秘密参与诺兰号建造的真的父亲临终前留下遗言：“那里有地球的未来”。他们成为了下水的契机（舰桥语音输入装置中呼唤船名即为启动钥匙），成为小型潜艇希拉号的乘员，在希拉号清水舰长、同时也是凯的父亲——诺兰号土门舰长等人的严格指导下，与多梅尼科、飞鹰、卡皮拉等伙伴一同对抗戈多姆。
